自由生活阿米巴感染的预防在于加强卫生宣教和公共泳池管理。推荐用苯甲烃胺防腐的盐水和含硫柳汞及EDTA的溶液清洗和保存隐形眼镜。游泳时不应佩带隐形镜。其他预防有饮水须煮沸，不吃生菜，防止饮食被污染。防止苍蝇滋生和灭蝇。检查和治疗从事饮食业的排包囊者及慢性患者，治疗期间应调换工作，平时注意饭前便后洗手等个人卫生。
