绝大多数输尿管结石诊断容易，临床上的误诊往往与检查不正确、不及时或经验不足因素等有关。急腹症患者如胆囊炎、胆石症、急性阑尾炎、溃疡病、胰腺炎、肠梗阻、卵巢囊肿蒂扭转、宫外孕等所引起的疼痛易与输尿管结石发作时的疼痛相混淆，但胆道疾病疼痛多在上腹部并向背部放射，而输尿管结石疼痛则在脊肋角、向输尿管径路放射。胆道疾病发作时右上腹压痛、肌紧张、反跳痛、墨菲征(Murphys sign)、白细胞略升高。急性阑尾炎疼痛和体格检查阳性征局限于右下腹，并可伴有寒战、发热、腹泻等全身症状，尿常规多正常，亦可出现红细胞。卵巢囊肿蒂扭转和宫外孕一般尿检正常，病变局限于下腹部。必要时可行妊娠尿试验和盆腔穿刺检查以确定有无出血以助鉴别诊断。
腹腔内淋巴结钙化所在部位阴影于不同时间摄片变动很大，输尿管结石阴影的位置相对比较固定。侧位片腹腔内淋巴结钙化和胆石症阴影位于椎体前方，而输尿管结石位于椎体前沿后方。
