性交疼痛的治疗视病因而定。对境遇性女性性交疼痛者，只要改换适宜的性生活环境即可，伴有器质性疾病的应针对病情采用手术或药物治疗。一般地说，婚前接受性教育和患者接受性咨询、性诊断是必要的。
器质性疾病的治疗：器质性病变引起的性交疼痛，应治疗原发病，原发病治愈后性交疼痛自然可以痊愈。
生殖器先天缺乏或发育不良，多采用手术治疗。先天性无阴道或阴道短小可行阴道成型术，手术方式应根据患者的情况如有无发育正常的内生殖器、伴或不伴宫颈闭锁等，有针对性地选择手术方式。
泌尿生殖系感染应针对病原或病种进行抗感染治疗。
