1.上消化道出血 有反流性食管炎者，因食管黏膜炎症、糜烂或溃疡所致，可有呕血和(或)黑粪。食管黏膜不断少量出血可致轻度缺铁性贫血;溃疡偶可引起大量出血。
2.食管狭窄 长期反复的胃食管反流导致食管炎，使纤维组织增生，食管壁的顺应性丧失形成食管狭窄。狭窄通常出现在食管的远段，长度为2～4cm或更长。长期放置鼻胃管易出现狭窄。症状明显时需要内镜下扩张治疗。狭窄出现后，一般不再有明显的烧心。
3.Barrett食管 在食管黏膜修复过程中，鳞状上皮被柱状上皮取代称之为Barrett食管，其可发生消化性溃疡，又称Barrett溃疡。Barrett食管是食管腺癌的主要癌前病变，其腺癌的发生率较正常人高30～50倍。
