衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
1、性传播
性传播是衣原体感染最为常见的原因，在性生活中如果不注意卫生，或者性伙伴过多，又或者性生活过于频繁，是很容易造成衣原体感染的，而且还很有可能感染其它疾病，所以一定要保证性生活健康，禁止存在多个性伙伴。
2、间接传播
衣原体感染的间接传播途径也非常的多，与患者公用毛巾、衣物等私人物品，或者使用患者使用过的器械，或者与患者共用一个游泳池等，这些情况都有可能导致衣原体感染。所以女性朋友一定要注意私人物品不要共用，尽量不要与衣原体感染的患者接触，这样才能减少被感染的机会。
3、分娩
生育分娩是女性衣原体感染的重要原因之一，孕妇在分娩的时候容易患有沙眼衣原体生殖道感染，新生婴儿通过阴道分娩可能会感染沙眼衣原体导致婴儿很有可能会患有结膜炎和衣原体肺炎。沙眼衣原体女性生殖感染临床最常见的就是宫颈内膜炎。
