感染心内膜炎及早治疗可以提高治愈率，但在应用抗生素治疗前应抽取足够的血进行培养，根据病情的轻重推迟抗生素治疗几小时乃至1～2天，并不影响本病的治愈率和预后。而明确病原体，采用最有效的抗生素是治愈本病的关键。
1、药物治疗
应选择较大剂量的青霉素类、链霉素、头孢菌素类等杀菌剂，它们能穿透血小板-纤维素的赘生物基质，杀灭细菌，达到根治瓣膜的感染、减少复发的危险。抑菌剂和杀菌剂的联合应用，有时亦获得良好的疗效。疗效取决于致病菌对抗生素的敏感度，若血培养阳性，可根据药敏试验选择药物。由于细菌深埋在赘生物中被纤维蛋白和血栓等掩盖，需用大剂量的抗生素，并维持血中有效杀菌浓度。有条件时可在试管内测定患者血清中抗生素的最小杀菌浓度，一般在给药后1小时抽取，然后按照杀菌剂的血清稀释水平至少1∶8时测定的最小杀菌浓度给予抗生素。疗程亦要足够长，力求治愈，一般为4～6周。
对临床高度怀疑本病，而血培养反复阴性者，可凭经验按肠球菌及金黄色葡萄球菌感染，选用大剂量青霉素和氨基糖甙类药物治疗2周，同时作血培养和血清学检查，除外真菌、支原体、立克次体引起的感染。若无效，改用其他杀菌剂药物，如万古霉素和头孢菌素。
感染心内膜炎复发时，应再治疗，且疗程宜适当延长。
2、手术治疗
近年来手术治疗的开展，使感染性心内膜炎的病死率有所降低，尤其伴有明显心力衰竭者，死亡率降低得更为明显。
自然瓣心内膜炎的手术治疗主要是难治性心力衰竭，其他有药物不能控制的感染，尤其是真菌性和抗生素耐药的革兰阴性杆菌心内膜炎，多发性栓塞，化脓性并发症如化脓性心包炎、瓦氏窦菌性动脉瘤(或破裂)、心室间隔穿孔、心肌脓肿等。当出现完全性或高度房室传导阻滞时，可给予临时人工心脏起搏，必需时作永久性心脏起搏治疗。
人造瓣膜心内膜炎病死率较自然瓣心内膜炎高。单用抗生素治疗的PVE死亡率为60％，采用抗生素和人造瓣再换瓣手术方法可使死亡率降至40％左右。因此一旦怀疑PVE宜数小时内至少抽取3次血培养后，及时用至少两种抗生素治疗。早期PVE致病菌大多侵袭力强，一般主张早期手术。后期PVE大多为链球菌引起，宜内科治疗为主。真菌性PVE内科药物治疗仅作为外科紧急再换瓣术的辅助手术，应早期作再换瓣术。耐药的革兰阴性杆菌PVE亦宜早期手术治疗。其他如瓣膜功能失调所致中、重度心力衰竭，瓣膜破坏严重的瓣周漏或生物瓣膜的撕裂及瓣膜狭窄，新的传导阻滞出现，顽固性感染，反复周围栓塞，都应考虑更换感染的人造瓣。
绝大多数右侧心内膜炎的药物治疗可收到良效，同时由于右心室对三尖瓣和肺动脉瓣的功能不全有较好的耐受性，一般不考虑手术治疗。对内科治疗无效，进行性心力衰竭和伴有绿脓杆菌和真菌感染者常须外科手术，将三尖瓣切除或置换。为了降低感染活动期间手术后的残余感染率，术后应持续使用维生素4～6周。
以上是感染心内膜炎的治疗方法，一般药物治疗，必要时手术治疗，此病早发现早治疗。
