先天性食管闭锁的早期预防、早期诊断并精心治疗是减少术后并发症的先决条件。并发症主要是吻合口瘘、狭窄、瘘复发，尤其应注意吻合口瘘的防治，因它是术后最常见和最危险的并发症。常见的并发症：
1.肺炎。
2.气胸。
3.食管穿孔，常因食管吻合口感染破溃穿孔。
4.胸腔积液或化脓性胸膜炎，需行闭式引流。
5.食管吻合口及胃、肠瘘。
6.食管气管瘘复发，术后有以下症状时应疑为瘘的复发：进食后咳嗽、窒息及发绀，唾液增多;吞咽困难合并腹胀，反复发作性肺炎，全身情况每况愈下，体重不增。
7.吻合口狭窄，预防方法可在术后早期(10～14天)开始扩张食管，或局部注射激素。
8.远期合并症，如气管软化、胃食管反流性疾病、支气管炎及体力智力低下、胸部畸形和乳房不对称等均与发育畸形有关。肺功能异常发生率较高，是继发于反复发作的胃食管反流所致。Filler(1976)和Schuartz(1980)均采用主动脉固定术，即将主动脉弓水平部缝合固定于胸骨后，治疗因本病术后发生气管软化、呼吸困难的患儿，迄今报告大部分病例获得了成功。
