呼吸肌疲劳症的药物治疗仍存在很大争议。有实验表明氨茶碱能增加膈肌的收缩力和耐力，但实验中用于评价膈肌功能方法的准确性不高，因此所得结论可靠性差。也有实验表明地高辛、β2受体激动剂、咖啡因等能增加膈肌力量，但其确切疗效均有待于进一步证实。对慢性阻塞性肺疾病患者，近来有人使用促进合成代谢的激素（生长激素睾丸素等）来增加肌肉骨骼肌力量，改善生活质量，其确切疗效和价格/效益比需进一步评价。
