子宫内膜异位症作为一种容易复发的雌激素依赖性疾病，具有向远处转移和种植生长的能力，故虽为良性病变，但具有恶性行为。常见的并发症有月经不调、痛经、性交痛和不孕等。
1、月经不调：内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。
2、痛经：内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚 炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失，但国内报道有21％约无痛经。
3、性交痛：当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。阔韧带后叶病灶纤维化增生及收缩明显时，可以外源性压迫输尿管，使其狭窄阻塞，亦可能出现泌尿系统症状，严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。
4、不孕：约有50％左右内异症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40％患内异症。内异症患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起；而一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产病例中有部分为子宫内膜异位症所致。
