藏毛窦和藏毛囊肿应与疖、肛瘘和肉芽肿鉴别。疖生长在皮肤，由皮肤突出，顶部呈黄色。痈有多个外孔，内有坏死组织。肛瘘的外口距肛门近，瘘管行向肛门，扪诊有索状物，肛管内有内口，有肛门直肠脓中病史。而藏毛窦的走行方向，多向颅侧，很少向下。结核性肉芽肿与骨相连，X线检查可见骨质有破坏，身体其他部位有结核性病变。梅毒性肉芽肿有梅毒病史，梅毒血清反应阳性。
