甲状舌管囊肿及瘘管病因尚不明确，可能和环境因素、遗传因素、饮食因素以及孕期的情绪、营养等具有一定的相关性。其与甲状腺发生过程中，甲状舌管未退化或未完全退化消失而导致本病。故无法针对病因预防。早期发现、早期诊断、早期治疗，可减少本病的并发症，对本并发症的预防具有重要意义。对于咽部有感染的患者应尽早治疗，以减少本病的诱发。
