胆道良性狭窄最常见的病因是胆囊切除术中直接或间接的胆道损伤，占手术引起胆道狭窄的90％。开腹胆囊切除术胆道损伤的发生率约为0.5％，而腹腔镜胆囊切除术(LC)似乎并未降低胆道并发症的发生率反而有升高趋势。
手术致胆管狭窄多为胆管损伤部位的纤维瘢痕性狭窄，偶有其他原因所致狭窄。Nagafuchi曾报道一例LC术患者，术后胆总管发生创伤性神经瘤，导致胆管狭窄。创伤性神经瘤非真正肿瘤，而是胆管损伤后，受损的支配胆道的神经纤维过度增生所致，此类胆管狭窄对扩张及支架治疗反应较差。
肝移植手术也是导致术后胆道狭窄的一个主要原因。肝移植手术后需进行胆道重建，狭窄往往发生于胆管吻合口处。慢性胰腺炎是引起良性胆管狭窄的原因之一。由于远端胆、胰管解剖上的特殊性，使得胆、胰疾病互相影响。慢性胰腺炎特别是胰头部慢性炎症常波及末端胆管，使胆管壁发生纤维化、狭窄，也可由肿大的胰头部直接压迫胆总管造成胆管狭窄。30％的慢性胰腺炎会并发胆总管狭窄。
一些血管性疾病如动脉粥样硬化、结节性多动脉炎等侵及肝动脉或肝移植手术后肝动脉血栓形成都可能导致胆管血供障碍，缺血区胆管发生狭窄。此外，上腹部外伤、硬化性胆管炎、Mirriz综合征等也会致胆管狭窄。
