人类的肺炎衣原体感染是世界普遍性的。肺炎衣原体传染途径是通过呼吸道分泌物的人-人传播。因此，在半封闭的环境如家庭、学校、军队以及其他人口集中的工作区域可存在小范围的流行。肺炎衣原体的感染还可能与哮喘、冠心病及动脉粥样硬化的发病、慢性阻塞性肺疾病的急性发作和恶化有关。目前，肺炎衣原体已是继肺炎双球菌和流感嗜血杆菌之后引起社区获得性肺炎的主要病原体，与嗜肺军团菌和肺炎支原体一起成为社区获得性肺炎的三种非典型病原体，占社区获得性肺炎的10％～20％。
