肺炎衣原体感染的潜伏期为15～23天，可引起上呼吸道感染，如鼻窦炎、中耳炎和咽炎；也可引起下呼吸道感染，但以后者为主，如支气管炎和肺炎。肺炎衣原体肺炎系衣原体肺部感染的主要形式，不同于鹦鹉热肺炎，此病患者无病鸟接触史，肺炎衣原体呼吸道感染多数表现为咽痛、发热、咳嗽（干咳为主）、胸痛、头痛、不适和疲劳。受累的肺叶部位可听到啰音，但再感染的患者呼吸道症状往往较轻，且较少发展为肺炎，老年肺炎衣原体肺炎患者临床表现可能较为严重，有时是致死性的，尤其是合并细菌性感染或存在慢性阻塞性肺疾病等基础疾病时。
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