低丙球蛋白血症的病因仍不十分清楚。有人提出，有些胎儿IgG的遗传因子Gm的同种异体基因型抗原刺激了母体的免疫系统，使母体产生了抗Gm抗体，这种抗体经胎盘进入胎儿，抑制Ig的合成。此后婴儿循环中抗Gm抗体因分解代谢而不断减少，自己合成的Ig逐渐增加。另一种认识是，胎儿可能自母体获得一种大量的免疫抑制物质，但不能将这种物质灭活。另外，早产儿容易发生此病。还有报告，该病偶有家族史，一些严重联合免疫缺陷病患儿的兄弟姐妹有时发生暂时性低丙种球蛋白血症，表明该病也可显示有缺陷的基因。还有人认为，本病为生理性低丙种球蛋白血症期延长。
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