根据心脏神经官能症的临床表现，一般不能做出心脏神经症的诊断。尤其是有症状，但是体格检查及辅助检查等均未见异常，排除器质性疾病便可诊断。如果将本病诊断为器质性心脏病，不仅增加了不必要的检查和治疗，而且加重了患者的焦虑和心理负担，使症状更加严重。然而，必须注意排除器质性心脏病，避免误诊;也需注意器质性心脏病有可能同时伴有心脏神经症。
心脏神经症应与下列疾病鉴别：
1、甲状腺功能亢进
由于心悸、紧张、多汗、易激动、心率增快、心搏动增强、手震颤等类似心脏神经症表现。但甲状腺功能亢进大多有甲状腺肿大，检查血清T3、T4和甲状腺吸131I率增高，可资鉴别。
2、心绞痛
以心绞痛样为主要表现的心脏神经症患者，应与冠心病或主动脉瓣狭窄引起的心绞痛鉴别。典型的心绞痛以胸骨后痛为常见，呈胸部紧束感、窒息状可放射至左肩或左臂内侧，一般持续2～3min，停止活动或舌下含服硝酸甘油很快缓解，常因劳累、紧张而诱发。心脏神经症痛不固定，为一过性刺痛、刀割样痛或持续性(几小时)隐痛，含服硝酸甘油常无效，可资区别。但不少冠心病早期，心绞痛不典型，尤其是更年期女性，心电图同样有缺血的改变(ST段下降、T波低平或倒置)此时鉴别诊断有一定困难。可作普萘洛尔(心得安)试验，口服20mg或2.5mg加于25％葡萄糖液10ml稀释后静脉慢注后，分别于30min和60min复查心电图，冠心病患者ST-T改变不大，而心脏神经症患者的ST-T异常消失。多数人认为普萘洛尔试验具有鉴别诊断意义。必要时可作冠状动脉造影或核素心肌显像，有助诊断。
3、二尖瓣脱垂综合征
本病常因二尖瓣黏液样退行性变或乳头肌缺血而致二尖瓣脱垂。症状轻重不一，常心悸、胸闷、气短、心前区疼痛、刀割样痛，伴心动过速，与心脏神经症相似，尤其年轻女性，要排除二尖瓣脱垂综合征。听诊可闻收缩期非喷射性喀喇音和收缩期杂音，是二尖瓣脱垂综合征的特征。超声心动图可见二尖瓣收缩期CD段呈弓形异常后移或二尖瓣后叶或前叶收缩期脱入左心房为特征，鉴别不难。
4、慢性感染性疾病
有些较为隐匿的感染病灶，如肺外结核、慢性泌尿道或肝、胆道感染，可出现心悸、气短、头晕、乏力、心率加快、低热等症状与心脏神经症相混淆。但血沉降升高，白细胞增多和经腹部B超或CT检查可发现病灶，有助于鉴别。
5、风湿热
心脏神经症患者有心悸、心率加快、第1心音亢进和收缩期杂音、低热与风湿热相似。但本症发热热度较低，无游走性关节红、肿、痛，皮疹，血沉加快和血清抗链球菌溶血素“O”增高等征象，可资鉴别。
