肝内胆管结石的诊断对于单纯胆管结石未合并感染或其他合并症者，特别是“静止期”内易误诊为肝 诊断炎、胃病等，应注意鉴别。影像学检查有助于诊断及鉴别诊断。B超、PTC检查可显示肝内胆管结石的分布和肝胆管的狭窄和扩张情况，对确定诊断和指导治疗有重要意义。 PTC 的X线特征有： ①肝总管或左右肝管昝有环形狭窄，狭窄近端胆管扩张，其中可见结石阴影； ②左右肝管或肝内某部分胆管不显影； ③左右叶肝内胆管呈不对称性、局限性、纺锤状或哑铃状扩张。CT也有重要诊断价值，特别是对于并发胆汗性肝硬化和癌变者。
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