病情急促和猛烈，若不及时医治，会死於肺炎及其他并发症。
军团病最常见的并发症是呼吸衰竭、休克以及急性肾脏衰竭和多器官衰竭。无例外地需要抗生素治疗才能恢复，而且通常在数周或数月之后才能完全恢复。偶尔会出现严重渐进性肺炎或肺炎治疗无效，在极少数情况下还可发生大脑后遗症。
军团病造成的死亡率取决于：疾病的严重程度、最初抗微生物治疗的适宜性、感染军团病的环境以及宿主因素(在发生抑制免疫反应的病人中，疾病通常更为严重)。病例死亡率在不接受治疗的呈现抑制免疫反应的病人中可高达40–80％，通过适当的病例管理并取决于临床症候和征兆的严重程度可减少到5–30％。对能够形成免疫反应者，死亡率通常在10-15％的范围之内。
此外还可并发腹膜和胰腺炎，肺梗死，脑水肿等。
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