恙虫病患者的潜伏期为4～20天，常为10～14天。本病一般无前驱症状，多突然起病，体温迅速上升，达39～41℃，呈持续热型，弛张热型或不规则热型，持续1～3周。于发热的同时，多伴有畏寒或寒战、剧烈头痛、全身酸痛、疲乏、嗜睡、食欲下降、恶心、呕吐、颜面潮红、眼结膜充血、畏光、失眠和咳嗽等，个别病例还可有眼眶疼痛。严重者可出现烦躁、谵妄、听力减退、强直性痉挛、嗜睡和昏迷等，可出现脑膜刺激征及病理神经反射。主要体征包括：
1、焦痂与溃疡
为本病之特征，可见于70％～100％患者。人被受恙虫病立克次体感染的恙螨幼虫叮咬后，局部随后出现红色丘疹，不痛不痒，继成水疱，然后发生坏死和出血，随后结成黑色痂皮，称为焦痂。其边缘突起，周围有红晕，呈圆形或椭圆形，大小不等，直径可为2～15mm，多为4～10mm;痂皮脱落后即成溃疡，其基底部为淡红色肉芽组织，起初常有血清样渗出液，随后逐渐减少，形成一个光洁的凹陷面，偶有继发性化脓现象。多数患者仅有1个，偶见2～3个焦痂或溃疡，亦有多至11个的报告。由于恙螨幼虫好侵袭人体的潮湿、气味较浓以及被压迫部位，故焦痂多见于腋窝、阴囊、外生殖器、腹股沟、会阴、肛周和腰带压迫等处，但头、颈、胸、背、腹、乳房和四肢等部位亦有发现。由于焦痂是恙螨幼虫叮咬、恙虫病立克次体入侵人体的部位，故理论上每个恙虫病患者都应有焦痂。约有30％的患者于洗澡、更衣时，可发现不痛不痒或稍带痒感的焦痂，而且常于发病前1～2周已发现。
2、淋巴结肿大
焦痂附近的淋巴结常明显肿大，并常伴疼痛和压痛。全身浅表淋巴结肿大者也相当常见。一般大者如鸽蛋，小者如蚕豆，可移动，多见于腹股沟、腋下、耳后等处，消肿较慢，常于疾病的恢复期仍可扪及。
3、皮疹
出现于病程的第2～8天，较多见于第4～6天，少数病例可于发病时即出现皮疹,或迟至第14天才出现皮疹。发生率各地报告差别较大(35.34％～100％)，可能与就诊时病期不同有关。皮疹多呈暗红色充血性斑丘疹，也有呈出血性者，无痒感，大小不一，直径为2～5mm，多散布于躯干部，向四肢发展，面部很少，手掌和脚底部更少，极少数可融合呈麻疹样皮疹，多经3～7天后逐渐消退，不脱屑，但有色素沉着。有时，于病程第7～10天可在口腔软、硬腭及颊部黏膜上发现黏膜疹或出血点。
有些流行区出现一些轻型患者，其临床表现为发热、头痛，皮疹和淋巴结肿大。这些患者可能是过去曾被不同血清型恙虫病立克次体感染过的人，有一定交叉免疫力。
4、肝脾肿大
肝肿大约占10％～30％，脾肿大约占30％～50％，质软，表面平滑，无触压痛。
5、其他
舌尖、边常红色，伴白色或黄色厚苔。眼结膜充血为常见体征之一，同时约5％患者可有结膜下出血。眼底可见静脉曲张，视盘边缘模糊、水肿，也可见眼底出血。部分患者皮肤充血，故有颜面及全身皮肤潮红现象。心肌炎较常见，心率可达120次/min以上，心音、脉搏皆弱，心电图可呈T波低平或倒置，或发生传导阻滞现象。重型患者可发生心力衰竭与循环衰竭。肺部体征依病情轻重而异，轻者可无明显体征，重型患者可发生间质性肺炎，以呼吸困难为主，可出现发绀现象。若有继发性细菌感染，则可闻干、湿性?音。此外，亦可发生全身性感觉过敏、睾丸肿痛、阴囊肿大压痛、腰痛和腹胀等现象。
危重病例呈严重的多器官损害，出现心、肾衰竭、循环衰竭与出血现象，如鼻出血、胃肠道出血等，还可发生弥散性血管内凝血。若患者的病程达15天以上，则病情常较严重，表现为明显的多器官损害，心、肝、肾衰竭，出现休克、氮质血症、出血倾向和昏迷。
