一般来说，急性真菌性食物中毒潜伏期短，先有胃肠道症状，如上腹不适、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、厌食、偶有腹泻等（镰刀霉菌中毒较突出）。以后依各种真菌毒素的不同作用，发生肝、肾、神经、血液等系统的损害，出现相应症状，如肝脏肿大、压痛，肝功异常，出现黄疸（常见于黄曲霉菌及岛青霉菌中毒），蛋白尿，血尿，甚至尿少、尿闭等（纯绿青霉菌中毒易发生）。
有些真菌（如黑色葡萄穗状霉菌、岛青霉菌）毒素引起中性粒细胞减少或缺乏，血小板减少发生出血。有些真菌（如棒曲霉菌、米曲霉菌）中毒易发生神经系症状，而有头晕、头痛、迟钝、躁动、运动失调，甚至惊厥、昏迷、麻痹等。患者多死于肝、肾功能衰竭或中枢神经麻痹，病死率可高达40％～70％。慢性真菌性食物中毒除引起肝、肾功能及血液细胞损害外，有些种真菌可以引起癌症。
