Howie等 定义鳃裂囊肿为，胸锁乳突肌前缘的上1P3 与下颌三角后缘之间区域的一种病变，囊肿内衬以多层排列的鳞状上皮，其下有淋巴组织。但是很多研究者发现本病可以在其它位置发生，所以Golledge 等 提出用发病部位和组织学两个因素来界定鳃裂囊肿，认为此病可以发生在中线以外颈部的任何位置;囊肿内衬以鳞状上皮或矮柱状上皮，较少见角化; 上皮下是淋巴组织，可以形成淋巴滤泡，也可以是弥散的淋巴组织。我们还发现有的标本囊壁上有毛囊和汗腺等皮肤附属结构。
第一鳃裂囊肿和瘘管位于舌骨之上，管道经下颌骨表面穿腮腺组织(在面神经表面或深侧) ，上端开口于外耳道。瘘管的外瘘多位于下颌角与外耳道之间。虽然面神经是第二鳃弓组成部分，但在胚胎时第二鳃弓发育迅速，向上覆盖第一鳃弓区域，所以第一鳃裂囊肿和瘘管与面神经关系密切。由于第一鳃裂囊肿较少见，且大多位于腮腺深叶，给诊断带来一定困难，故易误诊。临床工作中只要发现上述情况者要考虑本病可能。同时要注意和结核性淋巴结炎、化脓性淋巴结炎、颈部脂肪瘤、淋巴瘤、神经纤维瘤、腮腺肿瘤和异位涎腺瘤等鉴别。怀疑本病时，可行CT、MRI 和P或者局部碘油造影检查，对于诊断本病有重要的参考价值。尤其MRI 可以显示肿物的形状及其与周围组织的关系，诊断价值较大。影像学检查的典型表现是，上颈部和P或腮腺区囊性肿物，MRI 检查T2 可为高密度成像 。
另一个对本病有价值的无创检查方法是超声波，可见颈侧部的一个内部无分隔的圆形低回声的囊性肿块，同时无增强和运动，有学者把此特点归于囊内细胞分泌物的堆积和胆固醇均匀分布。病理检查是确诊本病的重要依据，而借助病理检查也可与先天性耳前瘘管等鉴别。一般来说，鳃裂囊肿和瘘的囊壁和管壁内含有大量淋巴样组织，形成淋巴滤泡、淋巴窦，其周围常有增大的淋巴结，故当患者并发感染时，引起囊肿和瘘管骤然增大;而且鳃裂囊肿和瘘的囊壁和管壁的鳞状上皮一般不会角化，官腔内很少有角化物，与耳前瘘管的病理表现不同 。第一鳃裂囊肿或瘘管因为上述原因在临床中易于误诊，提高本病的认识有利于临床医生准确诊断和治疗。
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