胃肠道间质瘤的治疗目前仍以外科手术为首选，尤其是原发性肿瘤更需外科切除。
1.首次治疗及完整切除肿瘤
间质瘤的首次治疗极为重要。如果采用合理的首次治疗，疗效明显提高。追求首次治疗的成功最为关键，而不是日后复发的无休止被动治疗，疗效甚差。
肿瘤完整切除也是提高疗效的关键。
2.术中防止肿瘤破溃
间质瘤的包膜极易破溃，这与一般胃肠道癌明显不同。
3.确定切缘及切除范围
手术中应根据肿瘤大小、性质、部位、年龄及全身状况综合考虑后确定手术切缘及切除范围。
4.原发肿瘤的脏器切除
对胃肠恶性间质瘤是否需行联合脏器切除尚有不同看法，但原发脏器的切除是必需的。
二、分子靶向药物治疗
应用分子靶向药物治疗间质瘤近年已成为国内外学者关注的焦点及热点。自从应用药物治疗五年来，已产生难以置信的疗效。
三、外科与分子靶向药物的结合A:
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