慢性肾孟肾炎常反复发作不易治愈，其原因是肾脏反复感染以后，病变周围有疤痕变形，细菌容易潜伏，药物也不易到达病灶。另外有些病人还可能存在一些个别原因，如治疗不彻底期用药后使细菌产生耐药性；或者有尿路结石、肾孟积水、输尿管狭窄；部分病人有慢性感染病灶如盆腔炎、结肠炎等。
反复发作的病人应做进一步检查看是否有以上原因。
治疗时抗菌药用药时间应该长些，急性发作过后不要停药，要再坚持用一段时间，真到尿常规正常、细菌检查阴性为止。
也可以采用小剂量维持法，每晚服呋喃坦啶50毫克，或用复方新诺明每周2~3天，每晚服1片，维持2~6个月。
还可以用中草药治疗，效果也很好。
此外，避免过劳、增强体质也有益处。平时多饮水，勤排尿，女性病人保持外阴清洁及大便通畅。注意性生活卫生，如果复发与性生活有关，可事先口服呋喃坦啶50毫克，事后排空小便清洗外阴。女病人在疾病治愈1年内不要怀孕。
慢性肾孟肾炎虽难治疗，但多方面采取积极措施，相当一部分病人还是可以治愈的。
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