在许多病例中，如果要治好慢性骨髓炎，就必须彻底切除感染的骨段，即使这样要切除一段重要的长骨。许多医生报告用Papineau等的骨骼重建方法和Weiland、Moore和Daniel的游离复合组织瓣技术，成功地治疗一些原本需要截肢的患者。然而，过去不主张广泛切除被慢性血源性骨髓炎感染的长骨，理由有三个：骨膜可能无法再生出完整的骨干；残留骨的质量不适于骨重建；如果进行骨重建，潜伏的感染可能复发。随着更新的骨和软组织移位技术的出现，如Ilizarov介绍的方法，现已能进行骨质广泛切除和重建而不会造成明显的功能障碍，尽管重建所需的时间可能较长。
所有被慢性骨髓炎累及的不重要骨骼均可广泛切除，如：跖骨、跗骨、部分跟骨、腓骨、髂骨、肋骨、锁骨和肩胛骨均可切除，并且仍能保留令人满意的功能。
一、跖骨切除术
第1跖骨应尽可能保留。
从远排跗骨至相对足趾的近节趾骨中部作一背侧纵切口。向深部切开骨膜，但不要打开腱鞘。沿骨干切开骨膜，将骨膜彻底剥离下来。然后，切除全部骨干，但在儿童患者应尽可能保留骨骺。留置引流，松松地关闭切口。
术后处理：用石膏后托固定，直至伤口愈合。然后开始保护性负重。
二、跗骨切除术
慢性骨髓炎通常可累及一块以上的跗骨。如果必须切除受累的跗骨，可经背外侧或背内侧纵切口切除。假如准备切除跟骨，建议使用Gaenslen入路。
三、跟骨部分切除术
Smith等用跟骨部分切除术治疗足跟大溃疡和跟骨骨髓炎，取得了良好的疗效。在12例患者中，有9例保持了术前的运动功能。
根据溃疡大小和形状选择切口。如果没有溃疡，可采用Gaenslen入路。向深部解剖至跟骨，保护仍健康的跟垫。在准备切除跟骨的区域显露跟腱，游离切断跟腱，让其向近端回缩。在距下和跟骰关节边缘后方1cm处作一切口。切除足够的骨质以便能游离和对合附近的健康软组织。留置负压引流，关闭切口。如果无法一期关闭切口，可使伤口二期愈合。术后用石膏管型固定，维持踝关节跖屈30度，以减少伤口的张力。
术后处理：伤口愈合后，让患者戴上定制的坚固的踝足支具。
四、腓骨切除术
如果需要，可将腓骨全部切除，但腓骨的远端1/4有助于稳定踝关节，要尽可能予以保留。如果切除腓骨近端，必须将膝关节的腓侧副韧带和股二头肌腱牢固地固定在胫骨上。
在腓骨的病变部位作一纵行切口。经比目鱼肌和腓骨肌间隙显露腓骨。在切口近端显露并保护腓总神经。沿骨干切开骨膜，环形剥离将要被切除骨干的骨膜。切除有病变的腓骨干，留置引流，松松地关闭切口。
术后处理：用长腿石膏后托固定，维持患足中立位，踝关节屈曲90?，膝关节屈曲20?，直至伤口愈合。然后开始保护性负重。
五、髂骨翼切除术
如果髂骨慢性骨髓炎有流脓且经久不愈，可切除大部分髂骨翼。
从髂后上棘到髂前上棘沿髂嵴作一切口，平行缝匠肌向远侧延伸至大腿，长7.5～10cm。在髂嵴远侧1.3cm处切开筋膜，沿髂嵴切开骨膜。骨膜下剥离臀肌和阔筋膜张肌至髋臼缘。分开阔筋膜张肌和缝匠肌间隙，牵开阔筋膜张肌显露髂骨前部。儿童患者的软骨性髂嵴很容易与附着于其上的腹肌一道被剥离下来。骨膜下剥离腹肌、背阔肌、腰方肌和竖脊肌的止点。然后，沿髂骨的内板向远侧剥离肌肉，直至弓状线。如果需要，可将髂骨全部切除，向远侧至髂前下棘，向后至骶髂关节。伤口内留置引流条，引流条经单独的切口引出，利用地心引力使引流通畅。松松地关闭切口。
