并发症的治疗当使用药物治疗wegner肉芽肿时，它们的副作用常难以与原发病区分，治疗中出现慢性免疫抑制的并发症已经成为开发新药的推动力而且也是检验其治疗效果的指标。
环磷酰胺通过使dna烷基化干扰细胞分裂从而造成b细胞和t细胞绝对数量的下降。b细胞的损伤比t细胞大，对于自身免疫性疾病患者来说环磷酰胺既可降低血液中免疫球蛋白的浓度又可降低自身抗体的效价。口服环磷酰胺吸收良好在24h内可达到完全吸收环磷酰胺的代谢物丙烯醛可引起常见的副作用出血性膀胱炎也是引起远期并发症膀胱纤维化和膀胱肿瘤的主要原因。使用环磷酰胺后应大量饮水以稀释膀胱中的丙烯醛，降低发生并发症的危险性磷酸巯基乙醇钠可与静脉注射环磷酰胺同时使用，以降低环磷酰胺的膀胱毒性。环磷酰胺可引起剂量依赖性的造血抑制。白细胞降低是骨髓抑制的最常见体征当白细胞总数低于3.5×109/l时就应调整其剂量。长期使用环磷酰胺者发生泌尿系统肿瘤的相对危险度比同龄人群高33倍，患淋巴瘤的危险度增加11倍。同时使用糖皮质激素和环磷酰胺的患者近半数将因严重感染而住院起初使用环磷酰胺和泼尼松有效的患者将有50%在停止治疗后5年内复发
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