病因尚不明确，大多数研究者认为免疫系统在其中充当了重要角色，也许这种疾病来源于免疫系统的遗传问题，也许一种病毒刺激肌体产生主动免疫反应，此过程中免疫系统对自身组织形成伤害，因为他错误地认为自身组织为异己成分，也有人曾设想某种影响免疫系统的极度的情绪波动或物理创伤可以引发多发性硬化症。
也有人认为饮食因素可能是致病原因，有些学者对北部地区多发性硬化症高发原因的解释中记载了那里的人们喜食烤肉，奶制品和高饱和脂肪食品，多发性硬化症病人吸收不饱和脂肪酸的能力低于常人，不饱和脂肪酸在肌体加工处理所有食物，特别是饱和类脂肪中起重要作用，其结果是在他们系统中饱和类脂肪过剩，已经设计出许多治疗饮食来纠正这种失衡，而且有些饮食方案已获得成功，但尚没有一种饮食可被当作治疗的手段。
一些学者怀疑环境因素是致病的原因，列举出的致病因素包括有矿脉，杀虫剂，柴油机的气体，自来水中的化学物质，化学溶剂，家庭用燃气，热水器发出的气体以及一氧化碳的污染。
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