临床上分为首次原发、首次非原发、复发和亚临床四型。生殖器疱疹首次原发感染指患者从未受过HSV（HSV-I或HSV-Ⅱ）感染，血中无抗HSV抗体。部分患者首次出现生殖器疱疹的临床表现，但有以前感染过HSV的血清学证据，称首次感染。首次感染可以是原发感染，也可以是非原发感染。
首次原发感染潜伏期3~14d，平均5d，临床表现为外生殖器及肛门周围群集性丘疹、小水疱，3～5d破溃形成糜烂或溃疡，伴剧烈疼痛，损害泛发，两侧对称，可伴两侧腹股沟淋巴结肿大，发热及流感样症状。女性患者主要表现为外阴阴道炎，大部分患者发生宫颈炎。临床表现为阴道分泌物增多，阴道疼痛，尿痛，排尿困难及尿潴留。病程约3～4周，如接种发生于直肠部位，可导致严重的直肠炎，从肛管到直肠黏膜发生广泛的糜烂、出血、溃疡，临床表现为肛门直肠疼痛，分泌物增多，里急后重。
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