透明丝孢霉病病程慢性，一般不易发展为侵袭性疾病。透明丝孢霉病的治疗原则是治疗基础疾病，配合支持疗法，面积小者可手术切除。抗真菌药的全身治疗，包括两性霉素B与氟胞嘧啶联合应用。伊曲康唑单用或与氟胞嘧啶联合应用，伊曲康唑400mg/d，氟胞嘧啶100mg/(kg·d)。
