衣原体尿路感染的发病原因为易感人群中的衣原体感染。传播途径主要由性交传播，性关系混乱、开始性生活年龄过早，及不用安全套的不洁性交尤易传染。少数情况下，新生儿可通过感染本病的母亲分娩时经阴道感染而患病。 衣原体感染后主要侵犯黏膜，其对单层柱状上皮和移行上皮所形成的黏膜有亲和力，因而黏附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，并沿生殖道上行，通过柱状上皮细胞的吞噬作用而进入细胞内繁殖，导致细胞溶解破裂，引起局部急性炎症，出现充血、水肿、化脓和疼痛。
