对于肠病毒感染的检查主要依赖于检测病原和抗体。这些病毒可以存在于粪、血液、脑脊液、脊髓、眼结膜分泌物以及咽部、脑、心、肝和皮肤或黏膜的病变部位。可用组织培养法或动物接种法分离病毒，然后用相应的抗血清鉴定。从病人体液(胸水、心包液、脑脊液、血液、疱疹液等)或活检及尸检组织分离出病毒有诊断价值，但单从咽拭或粪便中分离到病毒不能确诊。检测抗原的快速和灵敏的方法有免疫荧光法、酶联免疫吸附检测法和核酸杂交法等。检测急性期和恢复期血清的抗体滴度，若有4倍以上升高，即可以确诊，方法有中和试验、补体结合试验和血凝抑制试验等。
