先天性巨结肠根据患儿的症状轻重选择不同的治疗方法，对于轻型的患儿采取保守治疗，对于重症的患儿就要采取手术治疗了。
1、内科治疗
对轻型的先天性巨结肠患儿或有全身感染症状，手术无法耐受者可用非手术疗法维持营养和发育。用缓泻剂或定时用生理盐水灌肠，以避免粪便淤积。
2、结肠造瘘术
当患儿发生急性肠梗阻，或有肠穿孔、腹膜炎趋向，或伴有小肠结肠炎，或是全结肠无神经节症，应行结肠造瘘术。造口部位应尽量选择靠近扩张肠管作单口造瘘。
3、手术治疗
新生儿期患儿应尽量保守治疗，待1岁左右再做根治手术。成人期患者症状加重，经保守治疗无效者亦应行根治术。根治手术要求切除距肛门齿状线1～2cm处以上的狭窄直肠及狭窄段上5cm以上的扩张结肠。常用的术式有下面3种：
(1)拖出型直肠、乙状结肠切除术(Swenson手术)。
(2)结肠切除、直肠后结肠拖出术(Duhamel手术)。
(3)直肠黏膜剥离、结肠于直肠肌层内拖出切除术(Soave手术)。
