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1.病原学检查：
(1)咽拭子，痰液，支气管肺泡灌洗液，胸腔积液，血液等直接涂片镜检或作革兰染色，Iemsa染色或PAS染色，标本中发现芽生孢子及假菌丝和菌丝有诊断价值。
(2)因正常人咽喉部可带菌，痰培养3次以上阳性才有一定的诊断意义。
(3)经纤支镜保护性毛刷(PSB)采样培养较为可靠，由于菌血症持续时间短，故血培养阳性率较低。
2.组织病理学检查： 纤支镜活检或经皮肺活检，组织病理学检查有念珠菌菌丝侵入证据可以确定诊断。
3.免疫学检查 ：敏感性和特异性均不理想，重症患者，免疫功能缺陷者常出现假阴性，检测念珠菌抗原主要有甘露聚糖抗原，47KD抗原，热不稳定抗原，但念珠菌属不同种之间存在共同抗原，且人血清中某些蛋白成分与念珠菌的抗原具有相似的抗原决定簇，因此抗原的纯化与标准均存在问题，有待进一步提高敏感性和特异性。
4.影像学检查：支气管肺炎型胸部X线显示两肺纹理增深，两肺中下肺野弥漫性斑点状，小片状阴影，肺炎型X线表现为片状，结节状浸润，可波及整个肺叶，可有肺门或纵隔淋巴结肿大，也可呈肺水肿表现，阴影短期内变化较大，血源性多表现为多发性边缘不清的粟粒状结节影，随病情进展，粟粒状病灶可融合成大小不等小结节。
