肺部感染的抗微生物治疗CF患者下呼吸道感染的治疗措施主要包括：
(1 )早期强化治疗：无论有无症状，一旦CF患者痰中分离出细菌即进行强化治疗，以使下呼吸道出现细菌定植的时间尽量后延。该方案对细菌感染的诊断基于每月1次门诊患者痰或咽喉部分泌物的培养，一旦镜检或培养发现致病菌即开始为期2周的大剂量抗菌药物治疗。(2 )“按需治疗”：即治疗急性感染。按需治疗可能使有些隐匿性或症状不明显的感染得不到充分治疗，尤其是慢性铜绿假单胞菌感染。近期的痰培养结果可用于指导抗生素的选择，但多数情况下抗生素的选择是根据临床治疗反应，而非体外药敏试验。如果痰培养分离出假单胞菌，抗生素治疗应覆盖此菌。
部分病原的具体治疗如下。
8.1 流感嗜血杆菌：常用阿莫西林、阿莫西林- 克拉维酸、二代头孢菌素、四环素或氯霉素治疗。
8.2 金黄色葡萄球：是病情加重的重要致病原，预防和清除此菌都很重要。成年人应至少给予氟氯青霉素治疗2 周，如果青霉素耐药，可用红霉素、利福平或克林霉素。MRSA 更易致病。痰中持续MRSA定植者，可雾化万古霉素;MRSA 感染加重者需静脉点滴万古霉素或替考拉宁。也可使用利福平或利奈唑胺。
8.3 铜绿假单胞菌：欧洲建议对所有首次发现的假单胞菌感染者进行积极的强化治疗，这一观点已经被美国大部分中心采纳。治疗方案为环丙沙星+雾化多粘菌素3周，然后再次进行培养，如果仍有
症状或未清除，则继续雾化多粘菌素，同时静脉注射头孢他定+ 妥布霉素3周，以后继续使用雾化多粘菌素至少3个月。目前口服喹诺酮在儿童使用安全的数据正在增加 。但是单药使用易产生耐药性，不建议长期使用。雾化吸入妥布霉素可在6岁以上的儿童安全使用。
铜绿假单孢菌容易产生耐药，但是慢性感染者的耐药现象是暂时的，一旦抗生素选择压力去除，细菌又会恢复敏感性，故称“适应性耐药”(AdaptiveResistance)。发生的原因可能是敏感菌比耐药菌生长速度快。
8.4 洋葱伯克霍尔德菌：可对包括多粘菌素和氨基糖苷类在内的多种抗生素耐药。应联合使用2～3种抗生素，如头孢他定和氨基糖苷类。氯霉素和米诺环素、氯霉素和头孢他定、或喹诺酮和β - 内酰胺类/ 碳氢霉烯类可能有协同作用。也可使用增效磺胺甲基异唑。
