肛门直肠周围脓肿的治疗原则，主要是控制感染扩散，减轻患者的痛苦。
①局部治疗
a.切开排脓：脓肿形成后，要及时切开排脓，以防止脓肿向深部和周围组织蔓延扩散。
b.清理死腔：要尽量扩大切口，使引流通畅，脓汁易流出，充分清理死腔，以免脓肿复发。
c.清理原发病灶：对肛提肌以下的脓肿，要争取找到原发病灶即内口，以便一次手术彻底处理好内口及脓肿，以免再次形成肛瘘，再次手术。
另外，对于肛提肌以上的脓肿，处理要慎重，不能轻易作彻底清理，如果切开了肛门括约肌深部和肛提肌，则会导致肛门失禁，造成较严重的后果。应先切开排脓，待炎症消退，病变部位纤维化而且位置固定后，再作手术。一般需经过3～6个月后，再作第二次手术。
②全身治疗：应用青链霉素或红霉素等广谱抗菌素，并给予全身治疗。同时，针对全身不适症状，给予对症治疗。
